ประมาณ 25-30% จะพบความผิดปกติตั้งแต่ในครรภ์ โดยการอัลตราซาวน์ที่ไตรมาสที่ 2 ของการตั้งครรภ์ ความผิดปกติของหัวใจโครโมโซมพบได้ประมาณ 40% ของทารกที่เป็นดาวน์ซินโดรม มักเป็นชนิด Endocardial cushion defects และ Ventricular septal defects ความผิดปกติของระบบทางเดินอาหาร พบได้ 7% ได้แก่ ลำไส้ส่วนดูโอดินัมตีบตัน (Duodenal atresia) หลอดอาหารตีบตัน (Esophageal atresia) ลำไส้ใหญ่โป่งพอง